１６日午前１時２５分頃、熊本県で震度６強の地震があった。その後、短時間に震度６弱以上の地震が相次いで３回発生。ビルや家屋が倒壊し、県などによると、新たに男女３２人が死亡、１４日以降の死者は計４１人となった。９万人以上が避難し、九州の広範囲で千人以上が重軽傷を負った。

　熊本県南阿蘇村では大規模な土砂崩れがあり、国土交通省によると、国道５７号やＪＲ豊肥線が寸断した。全長約２００メートルの阿蘇大橋は崩落。熊本県によると、同村と西原村にまたがる俵山トンネルも崩落し、熊本市から阿蘇地方に向かう主要な交通路が断たれた。

　文化財も大きな被害を受けた。県によると、熊本城（熊本市）では、国の重要文化財で築城された１７世紀から当初の姿を残していた「東十八間櫓」「北十八間櫓」が倒壊。日本最大級の石造りアーチ水路橋「通潤橋」（同県山都町）も被害を受けた。

　阿蘇神社（同県阿蘇市）では、国の重要文化財「楼門」が押しつぶされたように崩れた。日本赤十字社発祥の地とされる洋館「熊本洋学校教師ジェーンズ邸」（熊本市中央区）も全壊。市によると、修復は困難だという。