ＮＨＫが２７日夜に、ＳＴＡＰ細胞の論文問題を特集した「ＮＨＫスペシャル」（後９・００）を放送した。今回放送を巡っては、２３日夜にＮＨＫ取材班が理化学研究所の小保方晴子氏に対し強引な追跡取材を行い負傷させたとして、小保方氏に謝罪したが、番組内容は“強気姿勢”を崩さず、独自取材・分析による疑問点を提示。番組内で小保方氏に向け回答を求めた。

　２７日の同番組は、大ヒットドラマ「半沢直樹」でもナレーションを務めた山根基世アナの語りで進行した。

　番組では「私たちは２０００ページ近くに及ぶ内部資料を入手した」と宣告。その中には「Ｈａｒｕｋｏ」と書かれた小保方氏の実験ノート２冊のコピーも存在するとした。

　小保方氏が作った細胞の万能性を証明する「キメラマウス」の作成に関しては、実験ノートに「キメラ生まれず」の記載もあり、難航した様子を指摘。そのうえで「キメラマウス」作成に初めて成功したとされる１１年１１月の２ページには、カレンダーに「キメラ実験」の文字はあるが、詳細な記述がないことも指摘。「実験成功の記述はどこにあるのか。小保方氏に文書で質問したが答えは返ってこなかった」とし、この点が２３日の追跡取材での質問ポイントのひとつだったことを示唆した。

　また、大阪大学など複数の大学教授が実名で出演し、小保方氏の論文を分析した結果、「理研が不正認定したのは２点だが、１４０点ある画像、グラフの７割以上に、何らかの疑義、不自然な点があるとの指摘があった」とした。

　さらに小保方氏のＳＴＡＰ研究に別の万能細胞であるＥＳ細胞が混入されたのではと指摘がある件では、問題発覚後に小保方氏の研究室の冷凍庫から見つかった、ＥＳ細胞入りの試験管の写真を提示。そのＥＳ細胞が「別の研究で解析中のもの」で、昨年に別場所に移動させているべきものだったと指摘。このＥＳ細胞を作ったとされる学生の「びっくりした。私が小保方さんに渡したものではない」と証言を紹介し、番組は「私たちはこうした疑問に答えてほしいと考えている」と要望した。