ＮＨＫが２７日夜に放送した、ＳＴＡＰ細胞の論文問題を追及した「ＮＨＫスペシャル」（後９・００）で、独自入手したとされる理化学研究所・小保方晴子氏と、上司で論文共著者の笹井芳樹氏が論文作成当時にやりとりしたメール内容が、男女ナレーターが親密そうに音読する演出で明らかにされた。放送内容に反発を強める小保方氏側は２８日、「あの部分を出す必要があるのか」と“親密なやりとり再現”に苦言を呈した。

　番組では、２０１２年４月以降、科学誌に３度、論文掲載を拒否されていた小保方氏を「論文執筆の天才とも言われる」笹井氏がサポートし、論文の評価が一変したと解説。そのうえで、ほぼ２人で論文作成を進めていた当時の２人のメールとして、テレビ画面にメール文面が映される中、内容を男女のナレーターが読み上げた。

　まず笹井氏の「東京出張」と題したメールでは、小保方氏に研究状況をうかがう前段部分の「小保方さん、本日なのですが、東京は雪で寒々しております」「小保方さんと、こうして論文準備できるのを、とてもうれしく、楽しく思っており、感謝しています」と男性ナレーターが抑揚あるトーンで読み上げた。

　これに返信したとされる小保方氏のメールは「笹井先生、また近いうちにご相談にうかがわせていただけないでしょうか」と弾んだ声で音読された。双方ともに、感情を込めて読み上げられたことは否めなかった。

　この件に関して、小保方氏の弁護団関係者は２８日、「弁護団としては、プライベートなメールの詳細までは把握してません」としたうえで、論文の分析・検証が進められた番組の中で、特異に映った公開内容に「なぜあそこの部分を出す必要があったんだろうか」と苦言を呈した。

　今回の問題発覚後、小保方氏と笹井氏に関しては、一部で「不適切な関係があった」旨の報道もあったが、両者とも会見で強く否定している。