２５日から４都府県に発令される緊急事態宣言を受け、対象地区で試合がある各大学野球連盟も対応に追われた。東京六大学野球連盟は２４日、２５日からの神宮での春季リーグ戦を無観客で開催することを発表。２４日にオンラインでの臨時理事会で協議し、期限は同宣言が解除されるまでとなった。同連盟の内藤雅之事務局長は「入場できるのは運営役員ら」と説明し、控え部員の観戦や応援団の活動もできない。ＮＰＢスカウトらも入場が認められなくなった。

　同じく神宮で春季リーグ戦期間中の東都大学野球連盟も、同宣言下での無観客開催を決めた。控え選手や応援団、ＮＰＢスカウトらの入場も禁止となる。首都大学野球連盟は２５日の春季リーグ戦会場予定だった大田スタジアムが同宣言の影響で利用停止となるため、横浜市内の日体大グラウンドへの変更を発表した。同日の試合を含め、「人流の抑制」の観点から今後は無観客での開催となる。

　関西六大学野球連盟は２５日から５月１２日の春季リーグ戦を無観客試合として運営することを発表した。関係者や保護者、野球部員、ＯＢやＯＧの入場も停止される。関西学生野球連盟は２５日以降の春季リーグ戦すべての試合の一時中断、延期を決めた。再開については緊急事態宣言が解除されて以降とされているが、各大学の練習や球場運営などの状況を考慮した上で検討していく。